In Fernsehsendungen der ARD sind Ergebnisse von Abgasmessungen vorgestellt worden, nach denen die krebserregende Wirkung der Abgase von Rapsölkraftstoff 10 bis 30mal höher sein soll als die von Diesel. Der Bundesverband Pflanzenöle e.V. (BVP) kritisiert diese Aussage als wissenschaftlich sehr fragwürdig. Denn es wurden nur drei Versuche mit nur einem Lkw-Dieselmotor durchgeführt, der nicht für den Betrieb mit Pflanzenöl angepasst war. Eine unvollständige Verbrennung des Treibstoffs war dadurch quasi vorprogrammiert. Und wie bei jeder unvollständigen Verbrennung entstehen dann polyzyklische aromatische Kohlenwasserstoffe (PAK), von denen einige als krebsauslösend gelten.
Die Schlussfolgerung, dass Rapsöl-Emmissionen generell stärker krebsauslösend wirken als Dieselkraftstoff-Emissionen, sei nach Meinung des BVP aus den Untersuchungen der Uni Bochum, der FH Coburg und der FAL Braunschweig nicht herzuleiten. Es könne lediglich festgestellt werden, dass die Partikelemission steigt, wenn ein auf Dieselkraftstoff eingestellter Dieselmotor mit Rapsöl betrieben wird. Durch die höhere Partikelemission steigt allerdings auch das Krebsrisiko.